在袋裝食品的殺菌保鮮問題上，微波的穿透性加熱、時間短、不破壞營養成分和低溫殺菌等特點，呈現出明顯的優越性。采用2450兆赫微波設備，對袋包熏魚、叉燒、麻雀、肉松等熟食品的殺菌處理，細菌殺滅率在95%以上。實踐表明微波殺菌可廣泛用於各種熟食品（魚、肉、豆制品、醬菜等）和飲料。近年來魚片乾的市場需求不斷增長，部分產品還遠銷國外，但長期以來均因缺乏有效殺菌手段而出現產品黴變現象，采用2450兆赫10千瓦微波處理設備，不僅具有加熱乾燥功能而且有殺菌滅酶效果，現已廣泛應用於魚片烘乾和熟化烘烤，節能效果50%以上，魚片酥軟可口。
        對於袋裝或瓶裝食品，微波憑借極強的穿透力，能穿透包裝和包裝內的食品、藥品進行乾燥殺菌，而包裝材料如PET塑料、玻璃、紙張、陶瓷等，因其不吸收微波，所以不會發熱，這樣產品更衛生，避免二次污染。不過需要註意的是，由於金屬、鋁箔可以反射微波而不被穿透，所以包裝材料不能采用金屬材料或者含有金屬成分（如貼有鋁箔的塑料薄膜）。其次，用微波處理袋裝或瓶裝藥、食品時，因包裝內的食品、藥品會發熱，造成氣壓升高，如果完全密封且氣壓過大，氣壓可能會沖破包裝。解決的方法有：
1、先用微波殺菌然後迅速密封或加蓋。
2、密封後放置要壓力容器內再用微波殺菌。
3、真空包裝後再用微波殺菌。

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