本品是蛋白酶混合物，在它的可溶性蛋白質中，木瓜蛋白酶（分子量21000）約占10％；木瓜凝乳蛋白酶（分子量36000）約占45％；溶菌酶（分子量25000）約占20％。本酶為內切肽酶專一性不強，對蛋白質水解的產物以小分子肽為主，少量氨基酸。切斷點常在酪氨酸Tyr,苯丙氨酸Phe,半胱氨酸Cys,亮氨酸Leu,谷氨酸Glu,天冬酰氨Asn,甘氨酸Gly,丙氨酸Ala,賴氨酸Lys等殘基。對蛋白質某些鹼性氨基酸側鏈的酰胺和脂也能水解。最適PH：5－7，最適作用溫度：60℃－70℃，(有激活劑存在的條件下PH值：3-9能保持100％效力)。。常用的激活劑為半胱氨酸鹽酸鹽，焦亞硫酸鈉，EDTA等.失活劑為過氧化氫，碘代乙酸，三氯乙酸等。耐熱性強使木瓜蛋白酶成為食品加工首選的蛋白質水解酶，（蛋白質水解酵素）實驗觀察到酶溶液在90℃水浴10分鐘仍保有約50％活力，20分鐘才滅活。

商品木瓜蛋白酶由種植的番木瓜（Carica papaya)未成熟果實割取乳液去雜乾燥而成。未經澄清就乾燥的酶即為粗製酶，它的水溶液呈混濁狀。經澄清後乾燥的酶為精製酶，它的水溶液呈透明狀。澄清的方法有過濾，沉澱，分離，超濾等。採用不同的澄清方法造出的精製酶性質略有差異。乾燥工藝有60℃熱風10－16小時吹乾或熱風真空乾燥，熱風噴霧乾燥，冷凍真空乾燥和冷凍真空噴霧乾燥。不同乾燥工藝對性能和價格有影響。

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