一、使用前的技術準備
1.上崗前的技術培訓：種子(發酵)罐是機電一體化的設備，因此；操作人員上崗前必須進行技術培訓，使他們熟悉整個系統的工作原理、管路、閥門的操作程序，並對空壓機，蒸汽鍋爐、變頻電機等設備，能正確操作使用。未經培訓的人員，不得單獨上崗操作。
2.設備使用之前，應先檢查電源是否正常，空壓機、微機控制系統、循環水系統是否能正常工作。
3.檢查系統上的閥門、接頭及緊固螺釘是否擰緊。
4.檢查種子罐、發酵罐、過濾器、管路、閥門的密封性能是否良好。
二、空消
在投料前，氣路、料路、種子罐、發酵罐、堿罐、消泡罐必須用蒸汽進行滅菌，消除所有死角的雜菌，保證系統處於無菌狀態。
1.空氣管路的空消
(1)空氣管路上有三級預過濾器，冷乾機和除菌過濾器。預過濾器和冷乾機不能用蒸汽滅菌，因此在空氣管路通蒸汽前，必須將通向預過濾器的閥門關閉，使蒸汽通過減壓閥、蒸汽過濾器然後進入除菌過濾器。
2.種子罐、發酵罐、堿罐及消泡罐空消
(1)種子罐、發酵罐、堿罐及消泡罐是將蒸汽直接通入罐內進行空消。
(2)空消時，應將罐上的接種口，排氣閥，及料路閥門微微打開，使蒸汽通過這些閥門排出。
(3)空消時間為30～40分鐘，特殊情況下，可采用間歇空消。
三、實消
實消是當罐內加入培養基後，用蒸汽對培養基進行滅菌的過程，種子罐、堿罐、消泡罐和發酵罐實消的操作過程相同。
1.空消結束後，應盡快將配好的培養基從加料口加入罐內，此時夾套內應無冷卻水。
2.培養基在進罐之前，應先糊化，一般培養基的配方量以罐體全容積的70％左右計算(泡沫多的培養基為65％左右，泡沫少的培養基可達75～80％)，考慮到冷凝水和接種量因素，加水量為罐體全容積的50％左右，加水量的多少與培養基溫度和蒸汽壓力等因素有關，需在實踐中摸索。
3.先開啟機械攪拌裝置，使罐內物料均勻混合，轉速50～100rpm。
四、種子罐接種、培養
1.本設備采用火焰封口接種，接種前應事先準備好酒精棉花、鉗子、鑷子和接種環。
2.菌種裝入三角燒瓶內，接種量根據工藝要求確定。
3.將酒精棉花圍在接種口周圍點燃，用鉗子或鐵棒擰開接種口，此時應向罐內通氣，使接種口有空氣排出。
五、移種
1.本設備采用壓差移種，即在種子罐壓力大於發酵罐壓力的條件下將種子轉移到發酵罐內。
2.發酵罐經實消冷卻到接種溫度後即可移種。
3.移種前，對移種管路，閥門用蒸汽滅菌20分鐘。
4.移種時，種子罐保持0.08Mpa，發酵罐保持0.03Mpa，打開移種管路上的閥門，種子在壓差作用下，由種子罐轉入發酵罐。
六、發酵罐的培養
1.種子接入發酵罐後，即可進行控溫培養，罐壓一般控制在0.05Mpa，轉速根據各自工藝要求而定。
2.發酵溫度根據工藝要求而定，通過調節循環水的溫度來控制發酵溫度，當環境溫度高於發酵溫度時，用冷水降溫。
3.發酵液的PH值是根據工藝要求而定，當需要調整PH值時，逐步加入酸堿液，直至所需PH值。
4.在發酵中途要取樣檢查時，可通過取樣口取樣。取樣前，取樣管路閥門需用蒸汽滅菌，防止雜菌污染而引起誤導，取樣結束後同樣要用蒸汽沖洗取樣管道閥門。
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