一．在冷凍乾燥過程中，微生物的生長和酶的作用無法進行，因此能保持原來的性裝。由於在凍結的狀態下進行乾燥，因此體積幾乎不變，保持瞭原來的結構，不會發生濃縮現象。
二．由於乾燥在真空下進行，氧氣極少，因此一些易氧化的物質得到瞭保護。
三．乾燥能排除95-99%以上的水份，使乾燥後產品能長期保存而不致變質。
四．乾燥後的物質疏松多孔，呈海綿狀，加水後溶解迅速而完全，幾乎立即恢復原來的性狀。
五．冷凍乾燥在低溫下進行，因此對於許多熱敏性的物質特別適用。如蛋白質、微生物之類不會發生變性或失去生物活力。因此在醫藥上得到廣泛地應用。
六．在低溫下乾燥時，物質中的一些揮發性成分損失很小，適合一些化學產品，藥品和食品乾燥。
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