臭氧有許多應用，其中應用於大棚溫室的種植，可用於殺滅種子表面的病毒、病菌及蟲卵。
1、種子處理：將臭氧氣體導入清水中並不斷攪拌，10分鐘後即制得臭氧溶液。將種子倒入其中浸泡15~20分鐘，可殺滅種子表面的病毒、病菌及蟲卵。
2、溫室大棚病蟲防治
　⑴熏棚消毒：定植前10天可結合高溫悶棚利用臭氧發生器將臭氧集中施放於棚內，施放時間以不少於2小時為宜。
⑵防治苗床病蟲。先將苗床封嚴，每10平方米每次施放1分鐘，並密閉熏蒸10分鐘，然後再通風30分鐘。
⑶設施蔬菜定植後的病蟲防治：定植緩苗後，每畝棚室持續施放臭氧7~10分鐘，再密閉熏蒸15~20分鐘，然後通風30分鐘。無病蟲的棚室每5~7天施放1次，連續施用5次，每經2~3次施放時間再增加5分鐘，直到每畝每次增至25分鐘。熏蒸時間也同樣每經2~3 次增加5~10分鐘。經試驗證明，臭氧對番茄灰黴病、葉黴病、早疫病、晚疫病，黃瓜霜黴病、疫病等以及溫室白粉虱、潛葉蠅、蚜蟲等病蟲防治效果較好。但對棚室土壤中的病蟲，由於臭氧氣體滲入土中的量太少，濃度也太低，所以沒有作用。

舉例說明：

香蕉：在臭氧濃度高的情況下，香蕉新陳代謝強烈。然而在低濃度下，例如33.21mg/m3(1.5ppm),生理損害可能產生。如果臭氧濃度在53.5~64.2mg/m3,8天後香蕉表皮會產生黑斑。臭氧濃度在64.2~192.6mg/m3(30~90ppm)的范圍內呼吸過程加快，而成熟過程保持不變。使用臭氧貯藏香蕉的最佳條件是溫度12℃，濃度3.21~3.64mg/m3,在這樣的條件下，香蕉成熟不很快，呼吸強度變化也不大。

    柑橘：柑橘對臭氧不敏感，甚至在85.6mg/m3r的高濃度下。由於乙烯和其他的新陳代謝產物被臭氧氧化，柑橘的成熟減慢。

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