食品無菌車間外源性污染源，主要是通過門和食品無菌車間內外通道侵入的室外空氣。因此食品無菌車間的佈置通常都采用按照工藝操作的關鍵程度，潔凈度的高低由裡往外逐級減弱，抵禦室外污染空氣的侵入。同時為物料和人員進出食品無菌車間設置相應的控製措施，例如物料的氣閘、人員的無菌更衣系統以及室內廢棄物傳遞出來的通道等。食品無菌車間內的污染源，主要來自於食品無菌車間內必要的操作人員和部分工藝設備，通常食品無菌車間內操作人員的四周區域是潔凈度最差的區域，也是無菌技術中重要的控製內容。

1、食品無菌車間總平麵佈置(佈局)：  

建築物、設備佈局與工藝流程三者銜接合理,建築結構完善,並能滿足生產工藝和質量衛生要求;原料與半成品和成品、生原料與熟食品均應杜絕交叉污染。 

建築物和設備佈置還應考慮生產工藝對溫、濕度和其分工藝參數的要求,防止毗鄰車間受到乾擾。 

2、食品無菌車間高度： 生產廠房的高度應能滿足工藝、衛生要求,以及設備安裝、維護、保養的需要。高度不低於3m，建議高度3.5 m。 

3、食品無菌車間占地麵積： 生產車間占地麵積不少於100m2。 建議生產車間麵積達到150 m2以上，生產車間包括主要原料處理、加工、內外包裝等加工車間，不包括辦公室、化驗室、原輔料倉庫及成品倉庫。（分裝企業可以適當放寬要求） 

4、生產車間地麵應采用無毒、防滑、易清洗消毒的硬質材料鋪設（如耐酸磚、水磨石、陶瓷磚、混凝土等），有一定的坡度，在最低處應安裝有水封地漏，生產車間不得有積水；

5、生產車間墻壁要用淺色、不吸水、不滲水、無毒材料覆塗，並用白瓷磚或其他防腐蝕材料（如金屬麵聚苯乙烯夾心板、鋁合金玻璃等）裝修高度不低於1.50 m的墻裙。

食品無菌車間內天花板應與風管、管道、燈具、風口等的安裝脫開，光滑、無裂縫，易於清洗。食品無菌車間的門窗材料應選擇耐受性好、自然變形小、製造誤差小、容易控製縫隙、氣密性好的材料，最好采用雙層中空玻璃結構的雙層窗，既節約空間、又節約能源，還可以避免玻璃窗結露引起黴變，造成污染；窗盡量采用大玻璃，這樣可減少積灰點，又有利於清潔工作。